Mikonos je jedno od ostrva Kiklada srednje veličine, udaljeno oko 150 km jugoistočno od Atine. Najbliže značajnije ostrvo Mikonosu je Tinos na 10 km ka severozapadu. 20 km zapadno od Mikonosa nalazi se ostrvo Siros, a 25 km južno Naksos. Ostrvo je srednje razuđeno i planinsko u većem delu. Postoji nekoliko dolina, koje su pogodne za zemljoradnju.
Mikonos spada u ostrva Kiklada koja su udaljena od kopna i imaju stalan nedostatak vode usled sušne sredozemne klime sa dugim, žarkim i sušnim letima i blagim i ne baš kišovitim zimama. Biljni i Životinjski svet su takođe osobeni za ovu klimu, a od gajenih kultura dominira maslina.